Оздоровительный бег может успешно применяться при некоторых заболеваниях желудочно-кишечного тракта (гастриты, спастические колиты, язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки, дискинезия желчных путей (нарушение функции желчных протоков), так как вибрация внутренних органов, возникающая во время бега, значительно улучшает функцию органов пищеварения. Естественно, что занятия прекращаются в период обострения болезни. Усиление печеночного кровотока и глубокое форсированное дыхание во время бега, являющееся прекрасным массажем для печени, улучшает ее функцию и способствует ликвидации болевого печеночного синдрома. Особенно полезно в этом плане брюшное дыхание во время бега (за счет движений диафрагмы). Нормализация нервных процессов в коре головного мозга в результате физической тренировки имеет немаловажное значение для лечения язвенной болезни. Больным с повышенной кислотностью перед бегом рекомендуется выпить стакан овсяного киселя, чтобы нейтрализовать кислотность желудочного сока. В случае пониженной кислотности достаточно выпить полстакана воды, что усилит секреторную функцию желудка.

Бег является эффективным средством лечения спастических колитов. В результате вибрации кишечника и выделения в его просвет солей магния резко усиливается перистальтика и восстанавливается нарушенная дренажная функция.